山东大学墨子研究所成立于1996年，是国内大学设立第一个专门的墨学研究单位，现挂靠在山东大学儒学高等研究院。现任所长由儒学高等研究院执行院长王学典教授兼任。

山东大学墨子研究所是中国墨子学会下属机构。中国墨子学会于1992年10月6日在首届墨学国际研讨会上正式成立，由山东大学党委书记兼任会长，先后聘请了吴官正、费孝通、姜春云、宋健、马万祺、杨斯德、张高丽和任继愈、张岱年、季羡林、蔡尚思、等领导与专家担任中国墨子学会名誉会长。

自成立之日起，墨子研究所一直肩负着筹备山东大学和滕州市墨子研究中心联合举办的一系列大型墨学学术活动的重任。迄今山东大学和滕州市一共联合举办了十一届国际墨子研讨会。两年一届的墨子国际研讨会已成为一个多方瞩目的学术品牌，成为学术界交流墨学研究成果的盛会，在学术界具有广泛影响。

墨子研究所也是中国墨子学会联络和汇聚海内外墨学研究力量的一个机构，在海内外墨学研究界享有较高威望，是海内外墨学研究者开展交流及合作的一个中心。现已与二十多个国家和地区的墨学专家建立了学术联系，初步形成了以墨子故里山东省为研究中心，连接四大洲的学术研究网络。

20多年来，山东大学墨子研究所汇聚了众多蜚声海内外的墨学研究专家，产生了一大批重要研究成果。张知寒先生的墨子里籍研究，姜宝昌先生的墨经研究，郑杰文先生的墨学史研究，秦彦士先生的墨家军事研究，均在学术界享有盛誉。由本所专家学者推出的《墨子研究论丛》《墨学与当今世界丛书》《墨经训释》《中国墨学研究通史》等著作，均是墨学研究的代表性著作。汇集古今中外墨学研究成果的《墨子大全》（100部）的出版发行，更是由本所推动的一个功在当今福泽万世的重大文化工程。